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基因芯片结果整合 GEO,Oncomine,TCGA 数据探讨 MALAT1 在胰腺癌中的临床意义及其分子机制

 

Authors Xie ZC, Dang YW, Wei DM, Chen P, Tang RX, Huang Q, Liu JH, Luo DZ

Received 13 March 2017

Accepted for publication 30 May 2017

Published 10 August 2017 Volume 2017:10 Pages 3991—4005

DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S136878

Checked for plagiarism Yes

Review by Single-blind

Peer reviewers approved by Dr Colin Mak

Peer reviewer comments 4

Editor who approved publication: Dr Yao Dai

目的:长链非编码 RNALong noncoding RNAslncRNA是多种肿瘤发生发展过程中的一个调节因子。MALAT1 作为一个高度保守的 lncRNA,在胰腺癌等多种肿瘤中都起着关键的作用,但 MALAT1 在胰腺癌的发生发展中的潜在分子调节机制仍未明确。因此,探讨 MALAT1 在胰腺癌中的作用机制具有重要意义,有望为胰腺癌的临床诊疗提供新思路。
方法:本研究首先利用 GEOOncomine 以及 TCGA 数据库的数据分析确定 MALAT1 在胰腺癌中的临床诊断和治疗价值。接着,整合了检测的基因芯片结果以及 TCGA 数据库数据挖掘 MALAT1 潜在的靶基因,进一步利用生物信息学分析方法探索 MALAT1 在胰腺癌中的重要作用通路。最终选定了几个 MALAT1 的关键靶基因,为今后的研究提供参考。
结果:研究发现 MALAT1 的表达在胰腺癌患者中显著升高。受试者工作特征曲线分析显示 MALAT1 在胰腺癌中有中等的诊断价值,曲线下面积、敏感度和特异度分别为 0.750.66 以及 0.72。研究一共收集了 224 个靶基因,其中挑选了 个基因(CCND1 MAPK8 VEGFA FOS CDH1   HSP90AA1 ),特别是 CCND1 MAPK8  和 VEGFA  三者被认为是胰腺癌中 MALAT1 的关键靶基因。MTOR signaling pathwaypathways in cancer 和 MAPK signaling pathway 等多个信号通路被提示为 MALAT1 在胰腺癌中的重要作用通路。
结论:MALAT1 是胰腺癌中的一个有前景的诊断标志物。CCND1 MAPK8 VEGFA FOS CDH1   HSP90AA1  等 个基因,尤其 CCND1 MAPK8  和 VEGFA  三者在胰腺癌中可能是 MALAT1 的关键靶基因。鉴于这些靶基因在胰腺癌中的潜在临床作用, MTOR signaling pathwaypathways in cancer 和 MAPK signaling pathway 等几个信号通路值得更进一步深入研究。
关键词:MALAT1;胰腺癌;生物信息学;靶基因