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微滴数字 PCR 方法检测肺癌表皮生长因子受体突变

 

Authors Xu Q, Zhu Y, Bai Y, Wei X, Zheng X, Mao M, Zheng G

Published Date June 2015 Volume 2015:8 Pages 1533—1541

DOI http://dx.doi.org/10.2147/OTT.S84938

Received 18 March 2015, Accepted 24 April 2015, Published 22 June 2015

Approved for publication by Dr William C Cho

背景介绍:有两种常见的表皮生长因子受体 (EGFR 基因突变方式存在于肺癌患者中并对 EGFR  靶向抑制剂敏感,分别是位于 19 号外显子的ex19del 和 21 号外显子的 L858R。另外,从接受用药并且复发的患者中发现存在一种耐药突变基因是位于 20 号外显子的 T790M。而这三种突变基因对于指导个性化治疗是非常有用的伴随诊断标志物。定量 PCR (qPCR) 的方法已经广泛地被应用于临床医师指导治疗。本研究的目的是从技术和临床两个方面来评价用微滴数字 PCR 的方法在检测肺癌患者中这三种 EGFR  基因突变的灵敏度与特异性。
方法:为了确定微滴数字 PCR 的灵敏度和特异性,我们用从 H1975 细胞株和 PC-9 细胞株以及 92 个正常人的血样中提取了基因组 DNA 作为阳性对照和阴性对照。另外,我们从 78 例肺腺癌中国病人的 FFPE 样本中提取了基因组 DNA 并对其分别用定量 PCR 和数字 PCR 的方法进行检测和比较。
结果:这三种 EGFR  基因突变的数字 PCR 检测方法的检测动态范围可以检测从 到 万个的拷贝数,并且检测下限低至 0.02%。对于 L858R 和 ex19del 这两种检测方法,从技术和临床上来说都达到了 0% 的背景值,而 T790M 检测方法在技术上的背景值达到 0.03%。微滴数字 PCR 检测方法和定量 PCR 的方法相比,能更准确的检测出患者的 EGFR  突变状况并且表现非常稳定,检测动态范围也更好。另外,用数字 PCR 的方法可以对病人的 T790M 突变状况进行检测而定量 PCR 方法却不能。从我们检测的样本量来看,约有 49% 的病人有 EGFR  的突变(其中 L858R 占 15.4%ex19del 占 29.5%T790M 占 6.4%)。有两个病人既有 ex19del 的突变又有 T790M 的突变。
结论:这些数据表明, 微滴数字 PCR 方法对于指导肺癌患者个性化治疗中会是非常有用的诊断方法。
关键词:微滴数字 PCR,伴随诊断,L858R, ex19del, T790M