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在男性骨质疏松症中鉴定异常表达的长链非编码 RNA-基因相互关系对
Authors Fei Q, Li X, Lin J, Yu L, Yang Y
Received 10 July 2020
Accepted for publication 16 August 2020
Published 24 September 2020 Volume 2020:15 Pages 1779—1792
DOI https://doi.org/10.2147/CIA.S271689
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Editor who approved publication: Prof. Dr. Zhi-Ying Wu
目的:通过高通量 RNA 测序技术研究男性骨质疏松症患者与正常对照者之间的长链非编码 RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)和 mRNA 的表达谱。
方法:通过高通量 RNA 测序,我们获得了男性骨质疏松症患者与正常对照者之间的 lncRNAs 和 mRNA 的不同表达谱。与正常对照相比,我们发现了在男性骨质疏松症患者中差异表达的基因(differentially expressed genes,DEGs)、差异表达的 lncRNAs(differentially expressed lncRNAs,DElncRNAs)和 DElncRNAs 邻近靶向的 DEGs。 通过功能注释,我们进一步研究了 DEGs 在男性骨质疏松症患者中的生物学作用。另外,我们构建了 DElncRNAs-DEGs 相互作用关系网络。一个 DElncRNA-邻近靶向的 DEG 相互作用关系对 LINC02009-CCR2 在体外进行了表达验证。
结果:在男性骨质疏松症患者中共获得 3296 个 DEGs,204 个 DElncRNAs 和 168 个 DElncRNAs-邻近靶向 DEGs 相互作用关系对。 Loc105372801 和 KCNQ1OT1 分别为最显著上调和下调的 DElncRNA。破骨细胞分化和趋化因子信号通路是 DEGs 显著富集的信号通路。 基于 DElncRNAs-邻近靶向 DEGs 相互作用网络,我们得到了 SNHG5-SYNCRIP-HBA1-HBB 、HCG27-HLA-C 、LINC02009-CCR2 、LOC101926887-IFIT1-IFIT2/IFIT3/IFIT5 等相互作用关系对。在体外验证中,LINC02009 和 CCR2 表达下调,该结果与 RNA 测序结果一致。
结论:鉴定的 DElncRNAs-DEGs 相互作用关系对可能参与了男性骨质疏松症的发生,为揭示男性骨质疏松症的发病机制做出了贡献。其中,已经验证的 DElncRNAs-邻近靶向 DEGs 相互作用对,LINC02009-CCR2 可能是男性骨质疏松症发生发展的重要调控因子。
关键词:男性骨质疏松症、RNA 测序、差异表达的 lncRNAs、差异表达的基因、破骨细胞分化、体外验证
