目的：染色体拷贝数畸变（CNA）是膀胱癌的标志，是诊断探索的有用靶标。在这里，我们构建了一种低覆盖率的全基因组测序方法，用于检测膀胱癌患者尿沉渣 DNA 中的 CNA。
患者和方法：我们使用了 65 例膀胱肿瘤患者（包括 54 例膀胱癌和 11 例膀胱良性肿瘤）的尿沉渣样本进行了一项前瞻性研究，其中包括了 43 名健康个体作为正常对照。从尿液沉积物中提取 DNA 并通过低覆盖率全基因组测序进行分析，以比较这三组中 CNA 的差异。 CNA 由任意 R 值（正常范围 ±2）定义。当这些值超过正常范围的 ±0.2 时，会怀疑增益/复制或丢失/删除。
结果：通过这种方法，在 51 例膀胱癌患者中有 39 例，10 例良性膀胱肿瘤患者中有 2 例，在 39 例正常对照中有 8 例检测到 CNA。与良性肿瘤或正常对照相比，膀胱癌患者的 DNA 缺失和重复长度明显更大（P <0.05）。膀胱癌重复 CNA 主要发生在 1q，5p，6p，7p，8q 和 13q 染色体上，而缺失主要发生在 2q，8p，9q，9p 和 11p 染色体上。这些区域包含膀胱癌肿瘤相关基因，例如 STK3，COX6C，SPAG1，CDKAL1，C9orf53，CDKN2A，CDKN2B，MIR31 和 IFNA1。在随访期间，尿沉渣 DNA 中检测到的 CNA 数量明显减少。
结论：我们的测序方法高度灵敏，可以检测到最小的 0.15 Mb 染色体重复/微缺失变化。 0.1~0. 3x 低覆盖率全基因组测序可用于检测尿沉渣 DNA 中的膀胱癌 CNA。该方法为膀胱癌的非侵入性诊断提供了一种有希望的方法，但仍需要在更大的样本量中进行进一步的验证。
关键词：膀胱癌，尿沉渣 DNA，下一代序列，拷贝数畸变