背景：非酒精性脂肪性肝病（Non-alcoholic fatty liver disease，NAFLD）是世界范围内最常见的慢性肝病病因。自噬在 NAFLD 的发生发展中起着重要作用。我们旨在基于高通量测序数据的基础上，建立一个新的自噬相关基因（Autophagy-related gene，ARG）来作为 NAFLD 患者的治疗靶点。
方法：我们基于 HAMdb 数据库和 GEO 数据库中的测序数据分析正常和脂肪变性肝组织中差异表达的 ARGs（Differentially expressed ARGs，DEARGs）。通过基因本体论（Gene ontology，GO）和京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）分析，探讨其潜在的生物学和病理学功能。通过 STRING 网站建立了 DEARGs 的蛋白-蛋白相互作用网络，并通过 Cytoscape 对结果进行可视化。此外，通过独立数据集 GSE89632 对关键基因进行了验证。最后，我们进行了基因集变异分析（Gene Set Variation Analysis，GSVA）通路相关分析，以确定肝非酒精性脂肪变性（Non-alcoholic fatty liver，NAFL）向非酒精性脂肪性肝炎（Non-alcoholic steatohepatitis，NASH）进展的关键信号通路和基因。
结果：GSE126848 数据集共鉴定出 76 个 DEARGs，其中上调基因 45 个，下调基因 31 个。GO 分析显示，这些基因的生物学功能主要集中在自噬、细胞对外界刺激的反应、成纤维细胞增殖、晚期核内体和泛素蛋白连接酶结合。KEGG 通路分析显示，这些基因主要参与细胞凋亡、PI3K-Akt 信号通路和雌激素信号通路。其中，从蛋白互作网络中鉴定出 9 个最相关的基因（关键基因）。此外，在 GSE89632 数据集中验证了 NOS3、IGF1、VAMP8、FOS 和 HMOX1 的表达。最终我们确定 MAPK 信号通路为重要通路，JUN 为参与 NAFL 向 NASH 进展的关键基因。
结论：本研究可为 NAFLD 的筛查和诊断提供可靠的分子标志物。同时，也为探索 NAFL 向 NASH 发展的分子机制提供了基础。
Keywords: GEO data, autophagy, NAFLD, hub gene