目的：TP53 突变是肝细胞癌中最常见的遗传变异类型。本研究旨在阐述肝细胞癌遗传变异图谱和挖掘 TP53 突变相关和 TP53 直接调控的 lncRNA 预后标志物。

材料与方法：本研究从癌症基因图谱数据库（The Cancer Genome Atlas，TCGA）下载肝细胞癌的转录组和临床数据来分析遗传变异图谱和差异表达基因图谱。利用 TP53 染色质免疫沉淀测序（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP-seq）数据来分析 TP53 染色质结合图谱。利用 KM 生存分析和 ROC 分析来识别 lncRNA 预后标志物。
结果：TP53 在肝细胞癌中突变频率最高，其中错义突变是数目最多的一种形式（> 2.5×10⁴）。TP53 突变在肝细胞癌临床 II 和 III 期中表现出不良预后。差异分析 TP53 正常组和突变组转录组数据筛选到上千个差异表达基因，其中 699 个差异表达 lncRNAs（p <0.05，|log2FC| ≥1）。差异表达基因的功能聚类分析发现 TP53 突变改变 DNA 复制、细胞周期和免疫响应等信号通路。另外通过 CIBERSORT 估计肿瘤浸润免疫细胞发现 TP53 突变与九种免疫细胞的比例组成显著相关。通过整合分析 TP53 正常组和突变组差异表达 lncRNAs 和 TP53 ChIP-seq 结合的 lncRNAs，鉴定了 112 个交集 lncRNAs。KM 生存分析和 ROC 分析验证了两个 lncRNAs（RP4-736L20.3 和 SNRK-AS1）具有显著的预后价值。利用收集的肝细胞癌样本验证了 RP4-736L20.3 和 SNRK-AS1 的差异表达。
结论：本研究展示了肝细胞癌的遗传变异图谱和两个 TP53 突变相关和 TP53 直接调控的 lncRNAs 预后标志物。
关键词：肝细胞癌；遗传变异；TP53 突变；lncRNA；预后标志物