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一种新型的肺腺癌免疫 lncRNA 对预后模型的构建
Authors Qi X, Chen G, Chen Z, Li J, Chen W, Lin J, Lin L
Received 17 June 2021
Accepted for publication 29 July 2021
Published 11 August 2021 Volume 2021:14 Pages 4279—4289
DOI https://doi.org/10.2147/IJGM.S325240
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Editor who approved publication: Dr Scott Fraser
背景:越来越多的研究表明,免疫相关的长链非编码 RNA(irlncRNAs)是肺腺癌的潜在预后生物标记物。双基因组合模式可以提高预后模型的敏感性,这为本研究提供了思路。
方法:基因表达数据和临床数据从 TCGA 数据库的肺腺癌项目中下载。从 ImmPort 数据库获取免疫基因列表并运用共表达分析识别 irlncRNA。通过对每 2 个 lncRNA 的表达水平进行循环比较,建立 irlncRNA 对的比较矩阵。应用单变量和多变量的 Cox 回归和 Lasso 回归构建风险模型。根据 ROC(Receiver Operating Characteristic)曲线以及 Akaike 信息准则(AIC),将肺腺癌患者分为高风险和低风险组。然后,本研究在不同的临床环境下评估了所构建的模型,包括临床-病理特征、肿瘤浸润免疫细胞、检查点相关生物标志物、药物反应性。
结果:基于 239 差异表达的 irlncRNAs,本研究构建了一个包含 11 个 irlncRNA 对的模型。该模型预测 4 年生存率的 ROC 曲线下面积(AUC)为 0.819,截止点被认定为 1.003。随后的分析表明,该模型可以有效区分不利的生存结果、临床病理特征和肿瘤浸润状态。高表达的免疫检查点相关基因,以及较高的化学药物敏感性,与模型中的低风险组相关。
结论:本研究利用 TCGA 数据库构建了一个新型的肺腺癌 irlncRNA 模型,该模型是基于配对的 irlncRNA,而不依赖于 lncRNA 的特定表达水平,具有良好的预后价值。
Keywords: lung adenocarcinoma, immune-related lncRNA, immune infiltrate, survival analysis, prognosis