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蛋白组学联合 RNA 测序筛选脓毒症生物标志物

 

Authors Wang C , Li Y, Li S, Chen M, Hu Y

Received 26 June 2022

Accepted for publication 10 September 2022

Published 21 September 2022 Volume 2022:15 Pages 5575—5587

DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S380137

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Editor who approved publication: Professor Héctor M Mora-Montes

目的:蛋白组学联合 RNA 测序技术筛选脓毒症患者血清中的生物标志物,为脓毒症寻找新的诊断和治疗靶点。
方法:收集 2019 年 01 月至 2020 年 12 月西南医科大学附属医院的脓毒症患者 22 例(脓毒症组)以及健康志愿者 10 例(正常组)的血液标本,采用 DIA 方法进行蛋白质谱分析,RNA 测序技术进行转录组分析, 分别对两组数据进行质控和差异分析(FC≥2FDR<0.05),并通过九象限图鉴定表达趋势一致的差异因子;随后对两组数据的交集因子进行蛋白质相互作用(protein-protein interactionPPI)分析和基因本体(gene ontologyGO)功能富集,结合 Gene Expression Omnibus 数据库的公共信息进行 meta 分析并筛选核心基因;最后收集 例外周血单个核细胞样本(正常人 例,全身炎症反应综合征 例,脓毒症 例)采用 10× 单细胞测序对核心基因进行细胞系定位分析。
结果:相对于正常组,脓毒症组外周血细胞中共有差异表达基因 4681 个,差异表达蛋白 202 个。其中,25 个差异因子在蛋白组和转录组中均表达;PPI 及 GO 分析结果显示它们主要参与白细胞及中性粒细胞反应、炎症反应、免疫反应等生物学过程。通过 meta 分析筛选出 个核心基因 GSTO1C1QARETNGRN,相较于正常组,其均在脓毒症组高表达(P<0.05);单细胞测序显示核心基因主要定位于巨噬细胞系。
结论:核心基因 GSTO1C1QARETNGRN 主要在巨噬细胞表达,广泛参与了炎症和免疫反应,且在脓毒症组血浆中高表达,提示其可能成为脓毒症潜在的研究靶点。
关键词:脓毒症;蛋白组学;RNA 测序;单细胞测序;生物标志物