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广州市胸科医院分离的结核分枝杆菌临床株中与利福平耐药水平相关基因突变的特征
Authors Hameed HMA , Fang C , Liu Z, Ju Y, Han X, Gao Y, Wang S, Chiwala G , Tan Y, Guan P, Hu J, Xiong X, Peng J, Lin Y, Hussain M, Zhong N, Maslov DA, Cook GM, Liu J, Zhang T
Received 24 May 2022
Accepted for publication 11 September 2022
Published 27 September 2022 Volume 2022:15 Pages 5655—5666
DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S375869
Checked for plagiarism Yes
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Peer reviewer comments 3
Editor who approved publication: Professor Suresh Antony
目的:利福平(RIF)耐药是耐多药结核病(MDR-TB)的替代标志,由编码 RNA 聚合酶的 rpoB 基因突变介导。我们旨在研究结核分枝杆菌(Mtb)临床分离株的整个 rpoB 基因突变模式的普遍性及其与 RIF 耐药水平的关系。
方法:广州市胸科医院收集了 465 例临床分离菌株,通过比例法和 Bactec MGIT
960 系统对 175 株确认为 Mtb 的临床株进行了药敏检测,使用 GeneXpert
MTB/RIF 和 Sanger 测序确定遗传特征,并使用阿尔玛蓝试验测定 RIF 的最小抑菌浓度(MIC)。
结果:我们发现了 50/175 株(85.71%)RIF 耐药菌株(MIC:4 至 > 64 µg/mL),其中 57 株为 MDR Mtb,81 株为前广泛耐药(pre-XDR)。遗传分析发现 146/150(97.33%)株耐药菌株的 rpoB 的 RIF 耐药决定区(RRDR,密码子 426-452)中有 17 种突变,主要位于:L430(P)、D435(V、E、G、N)、H445(N、D、Y、R、L)、S450(L、F)和 L452(P)。D435V 12/146(8.2%)、H445N 16/146(10.9%)和 S450L 70/146(47.94%)是最常见的突变。RRDR 中很少发现 Q432K、M434V 和 N437D 突变。在三株 RIFR 菌株的 RRDR 中首次检测到(1284-1289 CCAGCT)、(1295-1303 AATTCATGG)和(1300-1302 TTC)的缺失和插入。我们在 RRDR 外检测到 47 种突变和插入/缺失。在 RRDR 之外仅检测到 4 株 RIFR 菌株的新突变/缺失和插入,分别为(K274Q+C897del+I491M)、(A286V+L494P)、(G1687del+P454L)和(TT1835-6 ins+I491L)。与表型特征相比,GeneXpert MTB/RIF 和测序分析的诊断敏感性分别为 95.33%(143/150)和 100%(150/150)。
结论:研究结果强调了 RRDR 突变的关键作用以及非 RRDR 突变在 RIFR 临床分离株的快速分子诊断中的贡献。这些结果能支持疾病的早期发现,并有利于在高 TB 负担环境中推荐适当的抗 TB 治疗方案。
Keywords: rifampicin-resistance, Mycobacterium tuberculosis, rpoB, GeneXpert MTB/RIF, resistance-determining region