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单细胞WGCNA结合转录组测序探讨心肌缺血再灌注损伤中炎症相关的铁死亡分子机制
Authors Zhang Z , Liu Y, Huang D, Huang Z
Received 1 May 2024
Accepted for publication 30 August 2024
Published 9 September 2024 Volume 2024:17 Pages 6203—6227
DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S476456
Checked for plagiarism Yes
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Peer reviewer comments 2
Editor who approved publication: Professor Ning Quan
摘要
目的:炎症和铁死亡属于心肌缺血再灌注损伤(MIRI)重要病理生理特征,但两者的关联及其在MIRI中确切的机制尚未阐明。本研究采用单细胞转录组学技术,研究了MIRI过程中不同细胞亚型的变化,以及铁死亡相关基因和免疫浸润的调节网络。
方法:从GEO数据库中获得GSE146285、GSE83472、GSE61592和GSE160516数据集。记录了组织样本中的每种细胞亚型并使用Seurat包进行数据预处理、标准化和聚类。通过Cellphonedb工具分析细胞间的配体受体关系,使用hdWGCNA分析构建基因共表达网络,结合GSVA和GSEA对基因集进行功能富集和通路分析。此外,利用Lasso回归和SVM算法筛选识别疾病的特征基因,并进行免疫细胞浸润分析。建立MIRI大鼠模型,取标本进行RT-qPCR和Western blot验证。
结果:C2、C6、C11亚型MIRI样本所占比例显著高于对照样本。三个与铁死亡相关的基因(CD44, Cfl1和Zfp36)被鉴定为MIRI核心基因。这些核心基因的表达与肥大细胞和单核细胞免疫浸润细胞显著相关。实验验证证实了Cd44和Zfp36在MIRI中的表达水平上调,与现有的研究趋势一致。
结论:本研究采用单细胞转录组学技术来研究MIRI潜在的分子机制。发掘了许多重要的细胞亚型、基因调控网络和疾病相关的免疫浸润。这些发现为MIRI的诊断和治疗提供了新的信息和潜在的治疗靶点。