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基于生物信息学分析的细胞衰老基因和免疫浸润在脓毒症和脓毒症诱导ARDS中的作用
Received 21 August 2024
Accepted for publication 14 November 2024
Published 19 November 2024 Volume 2024:17 Pages 9119—9133
DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S488463
Checked for plagiarism Yes
Review by Single anonymous peer review
Peer reviewer comments 2
Editor who approved publication: Dr Tara Strutt
武晓灵 郭亚男
华中科技大学同济医学院附属武汉中心医院重症医学科
通信作者:郭亚男,湖北省武汉市胜利街26号华中科技大学同济医学院附属武汉中心医院,430014,中华人民共和国,T el+86-18186120762,传真+86-27- 82811446, Emailguoyanan1104@sina.com
简介:脓毒症是危重症患者死亡的主要原因,它会导致多器官功能障碍,包括急性呼吸窘迫综合征(ARDS)。我们的研究是通过生物信息学分析来确定细胞衰老基因和免疫浸润在脓毒症和脓毒症诱导的ARDS中的作用。
实验步骤:数据集GSE66890和GSE145227来自基因表达综合数据库(GEO),并便于进行生物信息学分析。对差异表达基因(DEGs)进行了基因本体论(GO)术语和京都基因和基因组百科全书(KEGG)的富集分析,以确定关键的功能模块。采用两种机器学习算法,即最小绝对收缩和选择算符(LASSO)和支持向量机递归特征消除(SVM-RFE),筛选脓毒症和脓毒症诱导的ARDS的特征基因。生成ROC曲线来评价hub基因的预测能力。通过ssGSEA比较了疾病组和对照组之间免疫浸润水平的差异。通过定量PCR(qPCR)验证了住院患者中hub基因的诊断价值。
结果:4个特征基因(ATM、CCNB1、CCNA1和E2F2)被鉴定为脓毒症诱导的ARDS进展的生物标志物。E2F2对脓毒症患者中ARDS发生的预测能力最高。ARDS组CD56亮细胞和浆细胞树突状细胞表现出高浸润,而嗜酸性粒细胞、MDSCs、巨噬细胞和中性粒细胞表现出低浸润。此外,脓毒症住院患者ATM表达低于非脓毒症患者(n=6)。
结论:脓毒症诱导的ARDS与循环免疫反应相关,ATM、CCNB1、CCNA1和E2F2的表达可能作为脓毒症诱导ARDS的潜在生物标志物和治疗靶点。
关键词:脓毒症、细胞衰老基因、免疫浸润、急性呼吸窘迫综合征、生物信息学分析