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华东地区某三级医院重症监护病房耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌的分子流行病学及遗传特征

 

Authors Liu L , Huang Y, Wang Y, Jiang Y, Liu K, Pei Z, Li Z, Zhu Y, Liu D, Li X

Received 25 September 2024

Accepted for publication 11 December 2024

Published 31 December 2024 Volume 2024:17 Pages 5925—5945

DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S491858

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Editor who approved publication: Dr Zhi Ruan

目的:评价重症监护病房 (intensive care unit, ICU) 耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌(carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii, CRAB) 的临床特点、耐药表型(antimicrobial resistance, AMR)、基因型及同源性特征,为有效预防、控制和治疗CRAB引起的医院感染提供依据。 

方法:对2020 - 2023ICU和神经外科ICU住院患者分离的39CRAB进行药物敏感性试验和全基因组测序(whole-genome sequencing, WGS)。采用WGS进行毒力因子基因 (virulence factor genes, VFGs)、耐药基因 (antimicrobial resistance genes, ARGs)、多位点序列分型 (multilocus sequencing typing, MLST)、全基因组多位点序列分型 (complete genome multilocus sequencing typing, cgMLST)、平均核苷酸同源性 (average nucleotide identity, ANI) 和单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism, SNP) 分析。

结果:所有CRAB菌株对环丙沙星、头孢他啶、哌拉西林/他唑巴坦和替卡西林/克拉维酸均100%耐药。在39CRAB菌株中发现了48种耐药基因,包括blaOXA-66blaOXA-23blaADC-30blaADC-73gyrAant(3'')-IIaaph(3'')-Ibaph(6)-IdtetBtetRsul1sul2LpxCLpxA,它们赋予细菌对碳青霉烯类、头孢菌素类、氟喹诺酮类、氨基糖苷类、四环素类和磺胺类药物的耐药性。共发现了128种毒力基因,包括编码AdeFGH外排泵、脂多糖(LpsBLC)、外膜蛋白A (OmpA)、青霉素结合蛋白(PbpG)、生物膜相关蛋白(bappgaBCDCsuABCDE)型分泌系统蛋白(Tss)和群体感应蛋白(AbaI/AbaR)的基因。采用Oxford MLST方法鉴定出6个克隆系,采用Pasteur MLST方法鉴定出1个序列型(ST2)。平均核苷酸同源性分析、SNP位点热图和基于核心SNP的系统发育树均显示了细菌分为六个群体,这些方法的菌株分类结果一致。采用cgMLST方法鉴定出10个克隆系。

结论:本研究中的CRAB菌株为ST2克隆菌株,对常用抗生素耐药严重,基因型中存在丰富的耐药基因和毒力因子。应采取严格措施来预防和控制CRAB传播和感染。CgMLSTSNPs分析在同源性分析中具有良好的区分能力。