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结合WGCNA分析骨关节炎关键基因的鉴定与验证

 

Authors Yang C, Chen X, Liu J, Wang W, Sun L, Xie Y , Chang Q

Received 21 November 2024

Accepted for publication 21 January 2025

Published 31 January 2025 Volume 2025:18 Pages 1459—1470

DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S504717

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Editor who approved publication: Dr Tara Strutt

摘要

背景:骨关节炎(OA)是最常见的慢性关节疾病,由于人口老龄化和肥胖率上升,其发病率正在不断上升,对人类的健康和福祉产生了重大影响。因此,通过生物信息学分析 OA 的关键靶点有助于发现新的生物标志物,从而改善其诊断。

研究方法:从基因表达总库(GEO)数据库中筛选微阵列和 RNA-seq 结果。对DEGs进行功能富集分析、蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)。还进一步进行了 RT-qPCR 和 WB 分析,以验证 OA 大鼠中枢基因的表达情况。

结果:本研究利用 GSE169077 和 GSE114007 数据集,通过差异表达分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)确定了 35 个关键基因。富集分析表明,这些关键基因主要富集在 HIF-1 信号通路、ECM-受体相互作用和 FoxO 信号通路中。通过整合蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析、动物模型验证和 ROC 曲线分析,最终确定了四个关键基因(GADD45B、CLDN5、HILPDA 和 CDKN1B)。

结论:总之,这些已发现的关键基因可作为预测和治疗 OA 的新靶点,为 OA 的病因和发病机制提供新的见解。