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基于生物信息学分析鉴定铁死亡相关基因TIMP1作为哮喘的潜在生物标志物
Authors Guo Y, Zhu H, Lei J, Gao F , Ma J, Zhao L
Received 19 March 2025
Accepted for publication 29 July 2025
Published 12 August 2025 Volume 2025:18 Pages 10905—10917
DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S529209
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Editor who approved publication: Dr Tara Strutt
摘要
背景:哮喘是一种慢性炎症性气道疾病,其病理生理机制复杂多样。铁死亡是一种新型的细胞程序性死亡方式。近年来,研究表明铁死亡可能在哮喘的发病机制中起着至关重要的作用。然而在哮喘患者气道上皮细胞中尚未发现特异性的铁死亡相关基因。该研究旨在鉴定哮喘气道上皮细胞中铁死亡相关基因,为探索哮喘的新型治疗策略提供潜在的分子靶点。
方法:我们从GEO数据库获取哮喘相关数据集GSE63142,同时从FerrDb数据库获取铁死亡相关基因。运用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建基因共表达网络,识别与哮喘表型显著相关的关键模块及其核心基因。通过GO和KEGG通路分析对核心基因进行功能注释,并将筛选获得的核心基因与铁死亡相关基因集进行交叉分析。我们进一步在独立数据集GSE43696和临床样本对候选基因进行验证,并采用基因集富集分析(GSEA)进一步探索候选基因的潜在生物学功能。
结果:WGCNA分析共鉴定出23个核心基因。功能富集结果表明这些核心基因显著富集于代谢过程和铁死亡通路。通过韦恩图分析发现,TIMP1是唯一在核心基因集与铁死亡相关基因集中共同存在的关键基因。TIMP1在重症哮喘(SA)患者中的表达水平较轻度哮喘(MMA)组升高(P<0.05),且较正常对照组显著升高(P<0.0001)。ROC曲线分析显示,TIMP1诊断MMA和SA的AUC值分别为0.713和0.865。GSEA分析表明TIMP1主要富集于HIF-1信号通路。qRT-PCR检测结果显示,哮喘组TIMP1 mRNA表达水平高于非哮喘对照组(P<0.05),Western blot检测表明哮喘组TIMP1蛋白表达水平较对照组显著升高(P<0.001)。
结论:本研究表明,TIMP1可能与哮喘中的铁死亡有关,这为哮喘治疗靶点的探索提供了新思路。
关键词:气道上皮细胞,哮喘,铁死亡,WGCNA,GSEA