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来源于骨髓间充质干细胞的外泌体中 mRNA 在常见恶性肿瘤中的预后作用:生物信息学研究

 

Authors Zhao F, Yu YQ

Received 27 April 2018

Accepted for publication 11 July 2018

Published 12 November 2018 Volume 2018:11 Pages 7979—7986

DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S172414

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Editor who approved publication: Dr Federico Perche

背景:外泌体的包含物通过内吞作用或直接融合进入受体细胞,用于细胞和细胞之间的信息交换。BMSCs-exo 包含物有助于指导癌症,尤其是癌症的诊断和预后。
目的:本研究旨在系统地阐明骨髓间充质干细胞(BMSCs)来源的外泌体中的 mRNA 在常见恶性肿瘤中(例如乳腺癌,卵巢癌,肺癌和胃癌)的预后价值。
方法:从 Gene Expression Omnibus 数据库中提取来自 BMSCs 的外泌体的基因表达数据(GSE78235)。首先,通过使用 limma package 比较四个肿瘤患者和两个健康对照之间来自 BMSC 的外泌体的 RNA 表达来检测差异表达的基因。随后,使用功能富集分析工具(FunRich v3.1.3)软件,然后通过 STRING 构建蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)网络,进行功能富集分析,包括 Gene Ontology 和 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes of 差异表达基因。 V3.6.0。分子复合物检测用于通过设置以下阈值分数 和节点 10 来筛选中枢蛋白质。 Cytoscape v3.6.1 用于可视化 PPI 网络。最后,通过 Kaplan-Meier 绘图仪在线平台进行中心蛋白的 Kaplan-Meier 分析。
结果:来源于 BMSCs 的外泌体共 386 个基因被鉴定为具有统计学意义(<0.05FDR<0.05),其中包括 150 个上调基因和 236 个下调基因。此外,32 个途径被确定为重要的(<0.05FDR<0.05)。源自 BMSC 的外泌体的蛋白 PPI 网络包括 100 个蛋白质节点,具有 579 个相互作用边缘。PODNZNF521 和 CFI 与 10 个或更多相互作用其他蛋白质被指示为来自 BMSC 的外泌体的 PPN 的中枢蛋白质。
讨论:总之,我们的发现揭示了源自 BMSC 的外泌体中 mRNA 的预后作用,并提供了针对常见恶性肿瘤的靶向治疗的意义。 然而,进一步的研究需要大样本和实验验证。
关键词:生物信息学,骨髓间充质干细胞,临床结果,外泌体,恶性肿瘤




Figure 1 The eight important terms are obtained by GO enrichment analysis in the software FunRich.