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携带 bla KPC-2 的多复制子 IncR:IncpA1763-KPC:IncN1 和 IncFIIpHN7A8:IncpA1763-KPC:IncN1 嵌合质粒的比较基因组学分析

 

Authors Qu D, Shen Y, Hu L, Jiang X, Yin Z, Gao B, Zhao Y, Yang W, Yang H, Han J, Zhou D

Received 29 September 2018

Accepted for publication 21 November 2018

Published 24 January 2019 Volume 2019:12 Pages 285—296

DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S189168

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Editor who approved publication: Professor Suresh Antony

研究背景:IncRIncFIIIncpA1763-KPC 和 IncN1 型质粒在肠杆菌科中陆续被发现,但由上述几类质粒衍生出来的杂合质粒尚需进一步研究。
研究方法:通过测序,获得 p721005-KPCp504051-KPC 和 pA3295-KPC 的质粒全序列,并与 GenBank 中的相关质粒pHN84KPCIncR),pKPHS2IncFIIK),pKOX_NDM1IncFIIY),pHN7A8IncFIIpHN7A8)和 R46IncN1)进行比较分析。
研究结果:p721005-KPC/p504051-KPC 的骨架区由 10-kb 的 IncR 型质粒骨架区(来自 pHN84KPC)、64.3-kb 的 IncFIIK 型稳定区和接合转移区(来自 pKPHS2)、15.5-kb 的 IncFIIY 型稳定区(来自 pKOX_NDM1)以及 5.6-kb 的 IncpA1763-KPC 型骨架区(来自 p1763-KPC)杂合而成。p721005-KPC/p504051-KPC 包含一个主复制子(IncR)和两个辅复制子(IncpA1763-KPC 和 IncN1)。pA3295-KPC 的骨架区由 7.2-kb 的 IncFIIpHN7A8 型骨架区(来自 pHN7A8)、33.3-kb 的 IncN1 型稳定区和接合转移区(高度同源于 R46)、26.2-kb 的 IncFIIK 型稳定区(来自 pKPHS2)、以及 15.5-kb 的 IncFIIY 型稳定区和 5.6-kb 的 IncpA1763-KPC 型骨架区。pA3295-KPC 包含一个主复制子(IncFIIpHN7A8)和两个辅复制子(IncpA1763-KPC 和 IncN1)。p721005-KPCp504051-KPC 和 pA3295-KPC 都整合了大量的外源插入区,并且携带大量完整和不完整的移动原件(包括插入序列,转座子和整合子)以及耐药基因(如 bla KPCtetA dfrA 和 qnr )。
研究结论:p721005-KPCp504051-KPC 和 pA3295-KPC 中的多复制子协同其来源丰富的稳定和接合转移区,使得这些质粒具有更广的宿主范围并且在宿主中具有稳定的拷贝数和复制能力。
关键词:多复制子质粒;多药耐药;bla KPC-2;移动元件




Figure 3 The blaKPC-2 regions and related regions from p7210005-KPC, p504051-KPC, and pA3295-KPC.