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通过全转录组测序筛选结肠癌相关的关键基因并阐明其可能的作用机制

 

Authors Yang Y, Zhao Y, Zhang W, Bai Y

Received 19 November 2018

Accepted for publication 11 February 2019

Published 10 April 2019 Volume 2019:12 Pages 2737—2747

DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S195235

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Editor who approved publication: Dr Sanjeev Srivastava

目的:本研究旨在研究结肠癌相关的关键长链非编码 RNAlncRNA)并阐明其可能的作用机制。
患者和方法:收集 例早期结肠肿瘤组织,例晚期收集结肠肿瘤组织和 例癌旁正常组织,并进行高通量 RNA 测序。对 RNA 测序结果进行综合的生物信息学分析,包括差异表达的 mRNAs 和 lncRNAs 筛选,功能富集分析,蛋白质 - 蛋白质相互作用网络和 miRNA-lncRNA-mRNA 调控网络构建。此外,关键 lncRNA 的表达使用实时定量 PCRqPCR)验证了。
结果:与正常样本比较,在早期结肠癌和晚期结肠癌中,共有 549 种相同的差异表达 mRNA,和 30 种相同的差异表达 lncRNA。功能富集分析显示 KIAA0125 在 PI3K-Akt 信号通路中显著富集,MSTRG.35002.1 显著富集到 BMP 信号相关功能。此外,关键的 miRNA-lncRNA-mRNA 关系被鉴定出来,如 hsa-miR-29b-3p-KIAA0125-BCL2 和 hsa-miR-29b-3p-MSTRG.35002.1-MMP2qPCR 测定证实了与正常结肠组织比较,KIAA0125 和 ESTRG.35002.1 在早期和晚期结肠癌组织中均显著下调。
结论:我们的研究结果表明关键的 lncRNAs,包括 KIAA0125 和 MSTRG.35002.1,可能参与结直肠癌的发展。KIAA0125 的下调可能通过海绵吸附 hsa-miR-29b-3p 进而调控 BCL2 的表达或通过调控 PI3K-Akt 信号通路,参与 CRC 的发展。MSTRG.35002.1 的下调可能通过海绵吸附 hsa-miR-29b-3p 进而调控 MMP2 的表达或通过调控 BMP 信号通路来促进 CRC 的发展。
Keywords: colon cancer, differentially expressed mRNAs, differentially expressed lncRNAs, molecular mechanism, CeRNA network




Figure 3 The miRNA–lncRNA–mRNA ceRNA network. The blue triangle node represents...