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肝细胞肝癌自噬相关基因的竞争性内源 RNA 网络构建与分析
Authors Yang C, Wang Y, Xue W, Xie Y, Dong Q, Zhu C
Received 13 June 2020
Accepted for publication 7 September 2020
Published 13 October 2020 Volume 2020:13 Pages 445—462
DOI https://doi.org/10.2147/PGPM.S267563
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Editor who approved publication: Dr Martin Bluth
目的:自噬在肝细胞肝癌 (HCC) 的发生发展中起着重要作用。我们希望发现 HCC 中差异表达的自噬相关基因构建预后模型,并根据差异基因构建竞争性内源 RNA(ceRNA)网络。
方法:从 TCGA 中提取自噬相关差异表达基因(DE-ATGs)、miRNAs 和 lncRNAs 以及 HCC 患者的临床资料。GO 和 KEGG 分析用于基因功能的研究。单因素和多因素 Cox 回归分析用于筛选构建预后模型的 DE-ATG。并建立与临床和随访信息相适应的列线图。最后我们建立了一个与自噬基因相关的 ceRNA 网络。
结果:共筛选出 27 个差异表达的基因,GO 和 KEGG 富集分析发现这些基因和自噬与肿瘤相关。经单因素和多因素 Cox 回归分析中,筛选出 BIRC5、HSPB8 和 SQSTM1 建立预后风险评分模型(AUC=0.749,P<0.01)。Kaplan-Meier 生存分析显示,高危患者的总体生存情况明显较差。此外,预后模型还在另外两个独立的数据库中进行了验证。我们还构建并验证了包括预后模型评分、性别、肿瘤分期和转移的列线图(c-index=0.736)。最后,根据 DE-ATGs、差异表达的 miRNAs 和 lncRNAs 构建了 ceRNA 网络。
结论:我们利用自噬相关基因构建了可靠的肝癌预后模型,描绘了肝癌 DE-ATGs 的 ceRNA 网络,为进一步研究肝癌自噬相关基因的转录后修饰和调控奠定了基础。
关键词:竞争性内源 RNA、自噬相关基因、原发性肝细胞肝癌(HCC)、TCGA