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ABCC5 可作为肝细胞癌研究的新型生物标志物:一项基于生物信息学的研究
Authors Qiu Y, Li H , Xie J , Qiao X, Wu J
Received 12 August 2021
Accepted for publication 29 September 2021
Published 27 October 2021 Volume 2021:14 Pages 7235—7246
DOI https://doi.org/10.2147/IJGM.S333904
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Editor who approved publication: Dr Scott Fraser
目的:肝癌是全球第五大最常见的癌症类型,ATP 结合盒 (ABC) 转运蛋白家族已被广泛接受为多药耐药的原因。本研究旨在探讨 ABC 转运蛋白基因家族在肝细胞癌 (LIHC) 中的潜在价值和机制。
患者和方法:本研究数据来自不同的公共数据库。UALCAN、ONCOMINE 和 GEPIA 用于筛选 ABC 家族中在 LIHC 中差异表达且与 LIHC 病理阶段相关的基因,将其作为研究 LIHC 预后的潜在生物标志物。随后通过主成分分析 (PCA) 将研究对象分为该基因高表达和低表达组,并通过单变量和多变量 Cox 分析评估其预后价值。UALCAN 被用于共表达模式的构建,对这些与该标志物相关的基因用 ClusterProfiler 软件进行功能分析。分别使用 TIMER、cBioPortal、GDSC 和 CTRP 探索该生物标志物与免疫浸润、遗传改变频率和药物敏感性之间的相关性。最后,使用 tSNE 算法探索表达该标志物的细胞的分布。
结果:在 ABC 转运蛋白家族成员中,ABCC5 在肝癌患者与非肝癌患者的组织标本中表达不同,且被证明与 LIHC 病理分期密切相关。PCA 将 LIHC 患者分为 ABCC5 高表达及低表达两组,Cox 分析表明 ABCC5 是 LIHC 的独立危险因素。功能分析表明,这些 ABCC5 相关基因在跨膜转运蛋白和免疫活性途径中富集。ABCC5 还被证明与巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞等细胞的免疫浸润有关。 ABCC5 的遗传改变频率同样证实了其在 LIHC 预后预测中的潜在价值。此外,本研究还发现了几种药物与 LIHC 相关。 t-SNE 则显示 ABCC5 的表达最集中于巨噬细胞中,其次是肝细胞。
结论:ABCC5 可能通过不同机制促进 LIHC 进展,是诊断、预后和治疗 LIHC 的潜在生物标志物和靶点。
Keywords: LIHC, bioinformatics analysis, ATP-binding cassette transporter family, ABCC5