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HOXD10 作为多形性胶质母细胞瘤不良预后标志物的鉴定

 

Authors Li Y, Ma K , Xie Q, Zhang X, Zhang X , Chen K , Kong L, Qian R

Received 3 September 2021

Accepted for publication 11 October 2021

Published 27 October 2021 Volume 2021:14 Pages 5183—5195

DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S336225

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Editor who approved publication: Dr Alberto Bongiovanni

目的: HOXD10 作为一个肿瘤调节因子,既可以发挥抑癌基因作用,也可以发挥促癌基因作用。但是,HOXD10 在多形性胶质母细胞瘤 (GBM) 中的作用尚不清楚。
方法: 收集并随访本院病理确诊的 GBM 患者的临床病理特征及生存时间,应用免疫组化 (IHC) 方法检测 HOXD10 蛋白在 GBM 和正常脑组织中的表达。卡方检验分析 HOXD10 与临床病理特征的关系,绘制 Kaplan-Meier 生存曲线。此外,使用在线工具 GEPIA 和癌症基因组图谱 (TCGA)、中国胶质瘤基因组图谱 (CGGA) 和基因表达汇编 (GEO) 数据库分析 HOXD10 的基因表达及其对预后的影响。进一步,根据 TCGA 数据库中 HOXD10 基因表达水平的高低,将 GBM 患者分为 HOXD10 低表达组和高表达组,进行差异基因富集分析,构建 lncRNA-miRNA-mRNA 网络和蛋白-蛋白相互作用 (PPI) 网络。
结果: GEPIA 在线分析显示,HOXD10 基因在 GBM 中高表达。而来自我们中心的免疫组化分析结果显示,HOXD10 蛋白在 GBM 中低表达。相关性分析显示 HOXD10 表达与 IDH1 基因状态有关。单因素生存分析显示,HOXD10 低表达、完整手术切除、术后放疗、术后替莫唑胺化疗、IDH1 突变均是 GBM 患者的有利预后因素。但是多因素分析显示,只有完整手术切除和术后放疗是 GBM 患者的独立预后因素。最后,基于 TCGA 数据库中 HOXD10 基因的表达高低,筛选出 138 个差异表达基因。GO 和 KEGG 富集分析显示这些差异表达基因主要参与细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路。在 ceRNA 网络中,涉及 89 个节点,包含 45 个 mRNA, 39 个 miRNA 和 5 个与预后相关的 lncRNA。PPI 网络显示 HOXD10 与 HOXD8、HOXD9、HOXD11、HOXD13 和 HOXB3 之间存在紧密的相互作用。
结论: 基于我们的实验数据分析显示,尽管 HOXD10 在 GBM 中表达较正常脑组织较低,但 HOXD10 高表达的 GBM 患者预后较差。HOXD10 在 GBM 发生发展的不同阶段可能发挥不同甚至相反的作用。对于 GBM 患者,HOXD10 可能是一个有效的预后预测因子。
关键词: HOXD10,多形性胶质母细胞瘤,预后,ceRNA,蛋白-蛋白相互作用