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胃癌的核心基因及潜在治疗药物的生物信息学分析
Authors Zhang S , Xiang X, Liu L, Yang H, Cen D, Tang G
Received 27 September 2021
Accepted for publication 16 November 2021
Published 30 November 2021 Volume 2021:13 Pages 8929—8951
DOI https://doi.org/10.2147/CMAR.S341485
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Editor who approved publication: Professor Bilikere Dwarakanath
目的:目前进展期胃癌(Gastric cancer, GC)的治疗方法效果不佳。因此,探索新的生物标志物和潜在的治疗药物是治疗胃癌的重要手段。本研究旨在鉴定与胃癌预后相关的核心基因,并探索潜在的治疗药物。
材料和方法:从 GEO (gene expression Omnibus) 数据库中下载 GC 和正常组织的 3 个基因表达数据并进行处理,鉴定差异表达基因(Differentially Expressed Genes, DEGs)。我们对 DEGs 进行了整合分析,包括功能富集分析、蛋白相互作用 (Protein-protein Interaction, PPI)网络的构建、核心基因的鉴定、核心基因的生存分析和表达验证。最后,我们构建了 miRNA-mRNA 网络,并预测了可能对 GC 治疗有效的药物。
结果:共鉴定出 340 个 DEGs,其中上调基因 94 个,下调基因 246 个。在上调的 DEGs 中,富集项主要与肿瘤发生和进展、细胞外基质组织和胶原分解过程有关。此外,鉴定出了 10 个核心基因 (FN1、COL3A1、COL1A2、BGN、THBS2、COL5A2、THBS1、COL5A1、SPARC 和 COL4A1),其中 7 个基因与 GC 的总体生存显著相关。通过 Real-time PCR、免疫组化和 GEPIA2 (Gene expression Profiling Interactive Analysis) 在线数据库验证这 7 个核心基因的表达水平。构建了 miRNA-mRNA 的调控网络,筛选出以核心基因为靶点最多的 4 个交互 miRNAs (hsa-miR-29b-3p、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-29a-3p、hsa-miR-29c-3p)。最后,14 个小分子被预测在治疗 GC 方面可能有效。
结论:与胃癌相关的核心基因、miRNA-mRNA 网络和潜在药物的鉴定为胃癌的分子机制和治疗提供了新的见解。
关键词:胃癌,预后,生物信息学,生物标志物