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基于生物信息学的脓毒症诊断和预后生物标志物的筛选和实验验证
Authors Huang X, Tan J, Chen X, Zhao L
Received 31 March 2022
Accepted for publication 28 June 2022
Published 6 July 2022 Volume 2022:15 Pages 6055—6071
DOI https://doi.org/10.2147/IJGM.S368782
Checked for plagiarism Yes
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Editor who approved publication: Dr Scott Fraser
目的:脓毒症是一种严重威胁生命的疾病,其特征是严重感染引起的免疫反应紊乱导致的多器官功能衰竭。脓毒症的发病机制尚不清楚。本文的目的是确定潜在的脓毒症诊断和预后生物标志物,以提高脓毒症患者的生存率。
方法:从基因表达综合数据库下载 7 个脓毒症数据集,筛选免疫相关差异基因(IRDEG)。通过基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析 IRDEG 的相关功能。使用 CIBERSORT 评估免疫细胞的浸润情况,并使用 R 软件的 Pearson 算法计算免疫细胞含量与基因表达之间的相关性,以筛选与脓毒症免疫细胞最相关的基因,并与 IRDEG 取交集获得共同基因。选择在 6 个数据集中受试者曲线(AUC)下面积均大于 0.8 的共同基因作为关键基因,并进一步分析关键基因在脓毒症中的预后价值。最后,我们通过 PCR 验证关键基因的在脓毒症和对照组中的表达。
结果:共获得 164 个 IRDEG,主要与炎症和免疫代谢反应有关。10 个关键基因(IL1R2、LTB4R、S100A11、S100A12、SORT1、RASGRP1、CD3G、CD40LG、CD8A 和 PPP3CC)被鉴定具有高诊断效率。Logistic 回归分析显示,六个关键基因(LTB4R、S100A11、SORT1、RASGRP1、CD3G 和 CD8A)可能影响脓毒症的生存预后。PCR 分析证实七个关键基因(IL1R2、S100A12、RASGRP1、CD3G、CD40LG、CD8A 和 PPP3CC)的表达与微阵列结果一致。
结论:本研究探讨了与脓毒症相关的免疫和代谢反应机制,并确定了 10 个潜在的诊断基因和 6 个预后基因。
关键词:脓毒症,生物信息学,生物标志物