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细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶 6 在弥漫性大 B 细胞淋巴瘤中的表达及意义
Authors Li J, Li P, Su H, Feng H, Bai Z, Xi Y
Received 1 July 2022
Accepted for publication 22 August 2022
Published 14 September 2022 Volume 2022:15 Pages 7265—7276
DOI https://doi.org/10.2147/IJGM.S380496
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Editor who approved publication: Dr Scott Fraser
目的: 探讨细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶 6 (CDK6)在弥漫大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的表达与临床生物学行为及预后的关系。
方法: 利用 Oncomine 和 the Cancer Genome Atlas(TCGA)数据库进行数据挖掘,分析 CDK6 在 DLBCL 中的表达水平,采用 c-BioPortal 分析 DLBCL 中 CDK6 的改变及相关功能,采用 DAVID 和 FunRich 软件进行基因集富集分析,此外,利用 LinkedOmics 筛选 CDK6 的差异基因表达并进行富集。最后,收集 2015 年 1 月至 2020 年 12 月山西省肿瘤医院(中国山西省太原市)病病科 102 例弥漫大 b 细胞淋巴瘤患者的福尔马林固定和石蜡包被(FFPE)组织样本。所有病例均有完整的临床病程记录。以 30 例淋巴结反应性增生组织为对照。采用 qRT - PCR 和免疫组化方法检测 DLBCL 组织中 CDK6 的表达。
结果: 生物信息学分析: 数据显示,DLBCL 中 CDK6 mRNA 表达水平和 DNA 拷贝数变异(CNVs)显著高于正常组织(P 小于 0.05)。基于 C-BioPortal 分析,我们推测扩增是 DLBCL 中最常见的 CDK6 CNV 拷贝。通过 GO(Gene Ontology),对这些基因进行分析,发现这些蛋白主要位于细胞核和细胞质中。研究发现,CDK6 改变的生物相互作用网络主要参与该过程的 G1-S 阶段。通过 LinkedOmics mRNA 测序数据分析,以下 3 个基因与 CDK6 表达呈正相关: PSMD1、C2orf29 和 ASB1。通过实验验证,我们发现 CDK6 在 DLBCL 中过表达,CDK6 mRNA 和蛋白在 DLBCL 中的表达与 Ann Arbor 分期、IPI 评分呈正相关(P<0.05),与总生存期呈负相关(P<0.001)。
结论: 数据挖掘和实验结果揭示并证实了 CDK6 在 DLBCL 中的重要性; 因此,CDK6 可能是 DLBCL 的一个潜在标志物。因此,我们的研究可能为进一步研究 CDK6 在 DLBCL 发生发展中的作用奠定基础。
Keywords: cyclin-dependent protein kinase 6, diffuse large B-cell lymphoma, bioinformatics analysis, prognosis