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基于生物信息学、免疫组化及机器学习分析 NLRC 家族在胶质母细胞瘤中的作用

 

Authors Han S, Zhang Z, Ma W, Gao J, Li Y 

Received 19 November 2022

Accepted for publication 3 February 2023

Published 10 February 2023 Volume 2023:16 Pages 523—537

DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S397305

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Editor who approved publication: Professor Ning Quan

目的:胶质母细胞瘤(Glioblastoma multiformeGBM)是恶性程度最高的星形胶质细胞肿瘤,其患者预后差。本研究旨在发掘 NLRC 家族在 GBM 中的作用。
方法:基于公共数据库(主要是 TCGA 数据库)的数据,我们利用生物信息学分析 NLRC 在 GBM 中的作用及其可能的作用机制。而后,我们利用组织芯片验证生物信息分析的结果,并利用随机森林模型进一步评估 NOD1 作为 GBM 预后判断生物标志物的效能。
结果:相比于正常脑组织,GBM 组织中的 NLRC 家族表达显著性增高;且在 GBM 中,低表达 NLRC 的患者预后优于高表达 NLC 的患者。此外,采用多因素分析 NLRC 家族所有成员对 GBM 预后的影响,Cox 回归结果显示 NOD1 是影响 GBM 预后的独立因子。综合纳入临床、病理因素及 NOD1 表达的列线图在 GBM 预后预测方面表现良好。富集分析结果显示 NOD1 高表达可调控细胞外基质、细胞黏附、免疫反应相关通路来促进 GBM 的肿瘤进展。加之,免疫浸润分析结果提示 NOD1 高表达与肿瘤微环境中的高免疫反应相关。同样,针对胶质瘤组织芯片的免疫组化结果也显示,低表达 NOD1 的患者预后优于高表达 NOD1 的患者。而且,随机森林模型显示 NOD1 作为 GBM 生物预后标志物的表现良好。
结论:NOD1 可作为 GBM 的生物标志物,其对肿瘤发生发展的作用可能源于其对肿瘤微环境中 NLRC 相关通路的调控。
关键词:胶质母细胞瘤;NLRC 家族;生物标志物;肿瘤微环境;预后模型;组织芯片