论文已发表
注册即可获取德孚的最新动态
IF 收录期刊
基于 ATF/CREB 转录因子家族基因相关模型探讨肝细胞癌的预后、肿瘤微环境和肿瘤免疫浸润
Authors Shen H , Gu X , Li H, Tang M , Li X , Zhang Y, Su F , Wang Z
Received 2 December 2022
Accepted for publication 20 February 2023
Published 27 February 2023 Volume 2023:10 Pages 327—345
DOI https://doi.org/10.2147/JHC.S398713
Checked for plagiarism Yes
Review by Single anonymous peer review
Peer reviewer comments 2
Editor who approved publication: Prof. Dr. Mohamed Kamal Shaker
简介:肝细胞癌(HCC)是最常见的原发性肝癌。它是全球癌症相关死亡的第四大原因。ATF/CREB 家族的失调与代谢稳态和癌症的进展有关。由于肝脏在代谢稳态中起着核心作用,因此评估 ATF/CREB 家族在 HCC 诊断和预后中的预测价值至关重要。
方法:本研究利用来自癌症基因组图谱(TCGA)的数据,评估 21 个 ATF/CREB 家族基因在 HCC 中的表达、拷贝数变化和体细胞突变频率。通过 Lasso 和 Cox 回归分析建立了基于 ATF/CREB 基因家族的预后模型,其中 TCGA 队列作为训练数据集,国际癌症基因组联盟(ICGC)队列作为验证集。Kaplan-Meier 和受试者工作特征分析验证了预后模型的准确性。此外,还研究了预后模型、免疫检查点和免疫细胞之间的关系。
结果:高危患者表现出不利的结果,相对于那些在低风险类别。多因素 Cox 分析显示,基于预后模型计算的风险评分是 HCC 的独立预后因素。免疫机制分析显示,风险评分与免疫检查点的表达呈正相关,特别是 CD274、PDCD1、LAG3 和C TLA4。通过单样本基因集富集分析,我们发现高、低风险患者在免疫细胞和免疫相关作用方面存在差异。预后模型中的核心基因 ATF1、CREB1 和 CREB3 在 HCC 组织中表达上调,与相邻正常组织相比,ATF1、CREB1 和 CREB3 表达水平升高的患者 10 年总生存率(OS)更差。通过 qRT-PCR 和免疫组化研究证实 HCC 组织中 ATF1、CREB1 和 CREB3 的表达水平升高。
结论:根据我们的训练集和测试集的结果,基于 6 个 ATF/CREB 基因标记预测预后的风险模型在预测 HCC 患者的生存方面具有一定的预测准确性。这项研究为肝癌患者的个体化治疗提供了新的见解。
关键词:肝细胞癌,ATF / CREB 转录因子,免疫检查点,预后模型,列线图