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识别冠心病药物反应性表型改变驱动基因
Authors Guan S, Yu YN, Li B, Gu H, Chen L, Wang N, Wang B, Liu X, Liu J, Wang Z
Received 24 November 2022
Accepted for publication 25 February 2023
Published 15 March 2023 Volume 2023:16 Pages 201—217
DOI https://doi.org/10.2147/PGPM.S398522
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Editor who approved publication: Dr Martin H Bluth
背景:血瘀证表型组由 6 个症状(胸痛、胸闷、心悸不宁、唇色紫暗、舌暗和脉细涩)组成,是冠心病的核心证候。然而,对冠心病血瘀证表型组及其组成症状之间的遗传关联的研究一直令人失望。
方法:首先,基于 spearman 相关分析,以 |ρ| > 0.4 和 p < 0.05 为标准,筛选冠心病血瘀证表型组第 14 天和第 30 天的表型改变相关基因(PARGs)。然后,使用 Personalized Network Control Model (PNC)检测 PARGs 的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)的驱动基因。最后,通过 Gene Ontology(GO)和 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)通路富集分析,从整体上分析驱动基因与冠心病血瘀证表型组的遗传分子相关性。
结果:在第 14 天和第 30 天,冠心病血瘀证表型组中分别确定了 525 个和 309 个 PARGs,这些基因分别富集出了 48 和 35 条 KEGG 通路。此外,还发现了 5 个驱动基因。这些驱动基因主要与内质网应激介导的细胞凋亡和自噬调节有关,可以抑制动脉粥样硬化的进展。
结论:我们的研究发现了冠心病中血瘀证表型组的药物反应性 PARGs,为研究冠心病患者中常见表型组及其组成症状之间的遗传关联提供了一种示范性策略。
Trial Registration: ClinicalTrials.gov, NCT01681316; registered on September 7, 2012.
Keywords: coronary heart disease, Xueyu Zheng phenome, phenomics strategy, driver gene