目的：探讨不同采样方式联合二代测序 （metagenomics next-generation sequencing ，mNGS） 在儿童重症肺炎并机械通气患儿病原诊断中的应用价值 。
方法：选取 40 例重症肺炎并机械通气患儿， 均采用常规经气管插管内吸痰、 常规支气管肺泡灌洗 （BALF）取样。 比较不同采样方式联合 mNGS 与传统病原学检测对病原体的诊断效能。
结果：常规经气管插管内吸痰与 BALF 采样后用 mNGS 检测病原体的阳性率均高于传统病原学检测 （P<0.05）。常规经气管插管内吸痰＋mNGS、 BALF＋mNGS 检测病原体的阳性率比较差异无统计学意义 （P>0．05）。  
结论：与传统病原学检测相比， mNGS 对病原体诊断效能更好， 临床上应根据实际情况选择适当的采样方式进行 mNGS 检测， 对重症肺炎患者的诊治具有重要的意义。 
关键词：采样方式；二代测序；重症肺炎；宏基因组学；机械通气