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基于免疫原性细胞死亡相关基因的非肝硬化性肝细胞癌预后预测模型的构建与验证
Authors Gong J, Yu R, Hu X, Luo H, Gao Q, Li Y, Tan G, Luo H, Qin B
Received 6 June 2023
Accepted for publication 20 September 2023
Published 25 September 2023 Volume 2023:10 Pages 1609—1628
DOI https://doi.org/10.2147/JHC.S424545
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Editor who approved publication: Dr Mannal M. Hassan
目的:准确预测非肝硬化性肝细胞癌(NCHCC)风险有助于改进监测策略并降低癌症相关死亡率。本研究通过分析癌症基因组图谱(TCGA)数据集探讨了免疫原性细胞死亡(ICD)与 NCHCC 预后的相关性,以及 ICD 相关基因的潜在预后价值。
方法:从 TCGA 数据库中检索 NCHCC 患者的临床资料和转录组学数据。通过加权基因共表达网络分析获得 NCHCC 表型相关模块基因,并基于癌及癌旁组织差异表达基因(DGEs)、NCHCC 表型相关基因、ICD 相关基因的交集,通过一致性聚类分析将患者分为两类。采用 NCHCC 来源的组织芯片经免疫组织化学染色评价关键基因表达水平与 NCHCC 预后的相关性。
结果:基于两组患者之间的 DGEs,采用 Cox 回归分析构建了包含三个基因(TMC7、GRAMD1C 和 GNPDA1)预后风险评分模型。该模型将 NCHCC 患者分为两个风险组。高危组总生存率(OS)明显低于低危组。单变量和多变量 Cox 回归分析显示,这些特征基因是 OS 的独立预测因子。功能分析展示了两个风险群体之间的免疫状况。其次,我们构建了列线图,其接受者操作特征曲线展示了该列线图有效的区分能力。体外功能实验表明,敲低 GRAMD1C 可上调 HepG2 和 Huh7 细胞的侵袭能力,而敲低 TMC7 后的细胞迁移、侵袭能力降低。
结论:本研究建立了一个由三个基因组成的预后模型,可以帮助预测 NCHCC 患者的生存率,指导药物和分子标志物的选择。
Keywords: immunogenic cell death-related genes, non-cirrhotic hepatocellular carcinoma, risk stratification, nomogram