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基于宏基因组二代测序的下呼吸道感染病原体分布模式
Authors Chai S, Wang C, Liu Y, Xia J, Wang X, Shi J
Received 30 May 2023
Accepted for publication 14 September 2023
Published 10 October 2023 Volume 2023:16 Pages 6635—6645
DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S421383
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Editor who approved publication: Professor Suresh Antony
目的:下呼吸道感染(Lower Respiratory Tract Infection,LRTI)是感染和死亡发生的主要原因。本研究采用常规微生物检测(conventional microbiological tests,CMT)和宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)相结合的方法,对某地市级医院 LRTI 的病原菌分布模式进行评估。
患者和方法:本研究为回顾性队列研究,共纳入 160 例单中心疑似下呼吸道感染患者。收集了患者的支气管肺泡灌洗液(Bronchoalveolar lavage fluid,BALF)、血液、组织、痰液和脓液样本用于病原体鉴定。探究了病原体的季节性流行规律以及混合感染患者的共感染病原体(co-pathogen)。
结果:本研究共纳入 137 例患者,156 份样本。铜绿假单胞菌、纹带棒状杆菌、肺炎克雷伯菌、念珠菌和人类疱疹病毒是最常见的病原体。最常见的细菌(铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌)和疱疹病毒 (EB 病毒和人类疱疹病毒 7 型) 的感染呈现季节性动态变化规律。最常见的感染类型为单一细菌感染,其次为细菌-病毒混合感染,以及细菌、真菌和病毒的混合感染。值得注意的是,混合感染的老年人的病原谱更广,且各种共感染病原体之间存在正相关关系。
结论:下呼吸道感染患者中常见混合感染,感染病原菌具有明显的季节分布特征。了解病原体分布和流行规律的重要性,可为早期病原学鉴定提供依据。
关键词:宏基因组二代测序;下呼吸道感染;共感染病原体;季节性流行规律