背景：动脉粥样硬化（AS）是心脑血管疾病最常见的潜在病理原因。然而，导致动脉粥样硬化斑块进展的分子机制尚不完全清楚。本研究的目的是研究 ApoE-/- 雄性小鼠主动脉粥样硬化发展相关的基因，这些基因可以作为新的生物标志物和干预斑块进展的治疗靶点。
方法：8 周龄 ApoE-/- 雄性小鼠分别饲喂纯化实验室饲料或西方饲料 6 或 22 周，采用高通量测序技术对各实验条件下的 4 组主动脉转录组进行分析。从 GEO 数据库检索并下载动脉硬化疾病芯片数据集 GSE100927，选取 29 例颈动脉粥样硬化病变组织和 12 例颈动脉正常组织分别作为实验组和对照组对我们的数据集进一步验证。此外，我们使用定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR）、免疫荧光来验证小鼠动脉粥样硬化模型中核心基因的表达水平。
结果： 对 ApoE-/- 雄性小鼠 AS6W 组和 Sham6W 组以及 AS22W 组和 Sham22W 组样本的测序数据进行差异分析，共有 265 个差异表达基因（DEGs），除了众所周知的炎症和免疫反应的激活外，自噬-溶酶体系统也是影响动脉粥样硬化发展的重要因素。我们在蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络中鉴定了 5 个核心基因（Atp6ap2、Atp6v0b、Atp6v0d2、Atp6v1a、Atp6v1d），与自噬-溶酶体密切相关；Hub genes 在 GSE100927 数据集中颈动脉粥样硬化病变组中显著高表达（P<0.001）。 RT-qPCR 分析显示，在小鼠动脉粥样硬化模型的斑块进展过程中，Atp6v0d2 的 RNA 水平显着增加。免疫荧光显示 Atp6v0d2 与巨噬细胞共定位。
结论： 通过生物信息学技术筛选和鉴定出 5 个核心基因与 APOE 雄性小鼠主动脉粥样硬化斑块进展有关，特别是 Atp6v0d2 基因，可能通过自噬-溶酶体系统影响主动脉粥样硬化发展。
关键词：分子机制；生物信息学；核心基因；自噬溶酶体；主动脉斑块发展