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慢性阻塞性肺疾病中脂质代谢相关基因的筛选

 

Authors Jiang C , Peng M , Dai Z, Chen Q

Received 10 August 2023

Accepted for publication 11 November 2023

Published 28 November 2023 Volume 2023:18 Pages 2739—2754

DOI https://doi.org/10.2147/COPD.S428984

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Editor who approved publication: Professor Min Zhang

目的:慢性阻塞性肺疾病(COPD)发生发展过程中会出现局部和全身性的脂质代谢紊乱,但具体机制尚未明确。
方法:Gene Expression Omnibus数据库中下载COPD患者的mRNA微阵列数据集GSE76925,并筛选差异表达基因(DEGs)。脂质代谢相关基因(LMRGs)从京都基因和基因组百科全书数据库(KEGG)和分子特征数据库中提取。将 DEGs LMRGs 取交集以获得差异表达的脂质代谢相关基因(DeLMRGs)。对DeLMRGs进行GO富集分析和KEGG通路分析,构建并筛选蛋白质-蛋白质相互作用网络以鉴定枢纽基因。GSE8581 验证集和进一步的 ELISA 实验用于验证关键的DeLMRGs 表达。
结果:对数据集GSE76925进行差异分析,鉴定出587DEGs,其中62个基因上调,525个基因下调。将587DEGs1102LMRGs取交集,得到20DeLMRGs,其中上调基因1个,下调基因19个。采用cytohubba插件筛选得到10hub基因,包括9个下调基因PLA2G4AHPGDSLEPPTGES3LEPRPLA2G2DMED21SPTLC1BCHE,以及唯一上调基因PLA2G7。使用验证集 GSE8581 对已识别的 10 DeLMRGs 进行验证发现仅BCHE PLA2G7 的表达水平存在差异。我们进一步构建了BCHEPLA2G7CeRNA网络。细胞实验也表明,在香烟烟雾 CSE 处理的 2种巨噬细胞系中,PLA2G7 表达上调,而 BCHE 表达下调。
结论:基于对脂质代谢基因表达的综合生物信息学分析,我们确定 BCHE PLA2G7 COPD 潜在的重要生物标志物。 这些生物标志物是COPD诊断和治疗的潜在靶点。
关键词:慢性阻塞性肺疾病,脂质代谢,生物信息学,BHCEPLA2G7