背景：宏基因组下一代测序（mNGS）是一种高通量测序技术，能够直接从临床样本中无偏差的检出各类病原体。本研究评估了mNGS在肺孢子虫肺炎（PJP）诊断中的价值，并与传统的检测方法，包括GMS染色、血清(1-3)-β-D-葡聚糖（BDG）检测和乳酸脱氢酶（LDH）检测进行了比较。

方法：研究纳入了2022年1月至2023年3月期间住院的78名疑似肺部感染的患者。针对表现出发热、咳嗽、呼吸困难或进行性低氧血症等症状，并且符合PJP的特定临床标准的患者进行mNGS检测。获取的样本包括支气管肺泡灌洗液、痰液和外周血液。比较了mNGS和传统方法检测出的阳性率和病原体分布。

结果：在PJP组中，25%、37.5%和9.38%的患者分别有实体瘤、皮质类固醇使用和皮肤病，显著高于非PJP组。mNGS的敏感性和特异性均为100%，显著高于血清BDG（敏感性50%，特异性81.8%）和LDH（敏感性9.3%，特异性91.3%）。我们观察到PJP组和非PJP组之间微生物组成存在显著差异。mNGS在96.88%的PJP病例中检测到多种混合病原体，其中68.75%表现为细菌和病毒感染的混合。值得注意的是，71%的患者在基于mNGS结果的抗菌治疗后有所改善。

结论：mNGS技术在诊断PJP方面显示出更高的敏感性和特异性，并指导了复杂肺部感染的精确治疗。