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从细胞焦亡和铁死亡角度鉴定进展性糖尿病肾病的诊断标志物及潜在治疗药物的预测
Authors Dai Q , Huang S , Fang Y, Ding X
Received 9 May 2024
Accepted for publication 16 August 2024
Published 29 August 2024 Volume 2024:17 Pages 5763—5779
DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S467388
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Editor who approved publication: Professor Ning Quan
摘要
背景:糖尿病肾病(DN)是糖尿病的常见并发症,常会导致终末期肾病(ESKD)。进展性糖尿病肾病可快速进展至ESKD,然而,临床上却缺乏有效的诊断指标和治疗方法。
方法:从基因表达综合数据库(GEO)数据库中获取2个DN相关数据集。使用 R 包鉴定差异表达基因(DEGs)。从相应的数据库中获取细胞焦亡相关基因(PRGs)和铁死亡相关基因(FRGs)。将DEGs、PRGs和FRGs三者取交集得到细胞焦亡和铁死亡相关的差异表达基因(PFRDEGs),并对这些基因进行功能富集分析和免疫浸润分析。应用Cytoscape软件中的 MCODE 插件获得hub基因。利用GeneMANIA在线软件获得hub基因所编码的蛋白之间的相互作用。基于这些hub基因,利用受试者工作特征曲线构建诊断模型。利用Nephroseq v5数据库验证hub基因的表达量以及分析hub基因与eGFR之间的相关性。另外,还通过糖尿病肾病小鼠模型及外部GEO数据库分别验证hub基因的表达情况。
结果:通过分析,鉴定出4个hub基因(CYBB、LCN2、JUN和ADIPOQ),其中CYBB、LCN2和ADIPOQ这3个基因被鉴定为进展性糖尿病肾病的潜在生物学标志物。基于这3个hub基因进一步筛选出3个潜在的治疗药物。更重要的是,我们通过动物实验证实:CYBB和LCN2的基因表达量在DN小鼠中显著上调。
结论:本研究确定了3个hub基因作为诊断进展性糖尿病肾病的生物学标志物,并挖掘了3个潜在治疗药物。该研究为揭示细胞焦亡和铁死亡在进展性糖尿病肾病中的作用提供了新的见解,并为未来的研究奠定了基础。
关键词:糖尿病肾病; 焦亡; 铁死亡; 生物信息学; 诊断标志物