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纳米孔测序技术:一种老年社区获得性肺炎患者病原体诊断的可靠方法

 

Authors Zhang X, Ye J, Wang L, Zhang L, Wang L, Jin H 

Received 27 April 2024

Accepted for publication 19 August 2024

Published 24 August 2024 Volume 2024:17 Pages 3659—3667

DOI https://doi.org/10.2147/IDR.S475861

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Editor who approved publication: Prof. Dr. Héctor Mora-Montes

张曦月1*,叶健2*,王利民1,张刘海1,王柳盛1,金华良1 

1西湖大学医学院附属杭州第一人民医院呼吸内科; 2浙江医院呼吸内科

*张曦月与叶健为并列第一作者

通讯作者:金华良,西湖大学医学院附属杭州第一人民医院呼吸内科,

电子邮箱: jinhualiang2008@126.com

目的:新一代宏基因组测序技术作为诊断感染性疾病的重要工具,正受到越来越多的关注。与二代宏基因测序技术相比,牛津纳米孔测序技术对病原体检测进一步缩短了检测时间。本研究旨在评估纳米孔测序在中国老年社区获得性肺炎患者中识别相关病原体的诊断价值。

方法:从2023年1月至2023年6月期间,我们开展了一项前瞻性研究,即招募就诊于西湖大学附属杭州市第一人民医院老年社区获得性肺炎患者。通过采集临床相关信息,并进行支气管镜检查,收集支气管肺泡灌洗液样本。此外,所有入组患者均同时采用传统微生物检测技术、二代宏基因Illumina技术及三代纳米孔测序技术,进行病原体鉴定,从而比较三种检测技术对病原学检测的诊断效能。

结果:本研究最终共纳入29例老年社区获得性肺炎患者。传统微生物检测技术、Illumina测序技术和纳米孔测序技术的诊断阳性率分别为24.1%、51.7%和48.3%;诊断特异性分别为91.7%,50%,和75%。与传统微生物检测技术相比,纳米孔测序技术和Illumina测序技术灵敏度均显著提高。然而,纳米孔测序技术与最终临床综合诊断的一致性相对最好,Kappa值为0.574;这显著优于传统微生物检测技术和Illumina测序技术,其Kappa值分别为0.296和0.402。此外,纳米孔测序所需的检测时间最短。

结论:纳米孔测序技术被证明是一种可靠且快速的病原体检测方法,特别适用于老年社区获得性肺炎(CAP)患者。

关键词: 纳米孔测序技术,新一代宏基因组测序,老年社区获得性肺炎,病原体诊断