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一种用于预测甲状腺癌患者预后的泛素-蛋白酶体系统的分子特征
Authors Zeng H, Geng X, Wan H, Qu X, Tang S, Zhang R, Zhou M, Yu Z, Pan J, Zheng H, Zhu Y, Huang S, Huang D
Received 8 October 2024
Accepted for publication 28 November 2024
Published 5 December 2024
Volume 2024:17 Pages 10397—10419
DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S499820
Checked for plagiarism Yes
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Editor who approved publication: Dr Tara Strutt
摘要
背景:泛素-蛋白酶体系统(UPS)对蛋白质质量控制至关重要,其失调与包括癌症在内的疾病有关。靶向UPS正成为一种很有前途的癌症治疗方法。然而,UPS调节在甲状腺癌(THCA)中的作用仍有待完全阐明。
方法:首先,我们利用来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库的数据,采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和LASSO回归,开发了THCA中关键的UPS基因的预后模型。随后,我们根据泛素-蛋白酶体系统预后模型评分(UPS-PMS)特征,将THCA训练集分为两种不同的亚型。然后对模型中的关键基因进行功能分析、免疫治疗评估和药物敏感性研究。
结果:我们描述了一个包含6个基因的UPS的预后模型,我们证明该模型能够预测患者的预后。随后,我们的研究结果表明,UPS-PMS与免疫微环境因素之间存在显著的相关性,尤其与髓系免疫细胞呈负相关,并对Th1与Th2细胞的比例有潜在的影响。特别是,我们观察到高UPS-PMS与免疫抑制微环境之间的显著关联。然后,我们阐明了不同THCA样本亚型之间的生物学差异,强调cluster_1亚型与不良预后相关。值得注意的是,KCNA1被确定为UPS-PMS框架中的一个关键的预后基因。我们构建了一个以KCNA1相关的竞争内源性RNA(ceRNA)为中心的三层调控网络。此外,我们的研究结果表明,KCNA1有可能作为免疫治疗策略的靶点。同时,药物敏感性分析表明,KCNA1的高表达促进了患者对吉西他滨的耐药性,而KCNA1的低表达则增加了对吉西他滨的敏感性。
结论:总之,我们开发了一种新的基于ups的THCA预后模型,确定了关键基因KCNA1,并评估了免疫治疗和药物敏感性,揭示了新的治疗靶点。
关键词:泛素-蛋白酶体系统,甲状腺癌,预后模型,免疫微环境,药物敏感性