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通过转录组分析研究骨关节炎患者血管生成相关生物标志物
Authors Zheng Y , Fang M, Sanan S, Meng XH, Huang JF , Qian Y
Received 30 August 2024
Accepted for publication 3 December 2024
Published 8 December 2024 Volume 2024:17 Pages 10681—10697
DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S493889
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Editor who approved publication: Professor Ning Quan
摘要
背景:骨关节炎(OA)是一种常见的与年龄相关的关节疾病,其特征是关节破坏和生活质量受损。血管生成在OA的进展中起着关键作用。本研究旨在通过转录组学和机器学习方法识别OA中的关键血管生成相关基因(ARGs)。
方法:本研究分析了GSE55235数据集(10个OA和10个健康滑膜组织样本)中的差异表达基因(DEGs),结合加权基因共表达网络分析(WGCNA)和ARGs,筛选出差异表达的ARGs(DE-ARGs)。通过三种机器学习算法确定候选基因,并通过ROC曲线评估其诊断价值。随后进行了基因集富集分析(GSEA)、免疫细胞浸润分析和治疗剂预测,并通过RT-qPCR验证了生物标志物的表达。
结果:从1552个DEGs中鉴定出11个DE-ARGs,机器学习筛选出6个候选基因,其中COL3A1、OLR1、STC1和KCNJ8在训练和验证数据集中的AUC值均超过0.8,显示出较高的诊断价值。GSEA分析将这些基因与“溶酶体”通路联系起来,发现嗜酸性粒细胞和Th2细胞与其显著相关。此外,预测的潜在治疗药物包括双酚A、四氯二苯并对二恶英和丙戊酸钠。临床验证结果显示COL3A1、OLR1和STC1的表达水平与数据库结果一致。
结论:本研究发现COL3A1、OLR1、STC1和KCNJ8是骨关节炎的关键血管生成相关生物标志物,具有潜在的诊断和治疗价值。本研究强调了血管生成在OA进展中的重要性,并提出通过靶向血管生成相关通路可能提供新的治疗策略。
关键词:骨关节炎;血管生成;生物标志物;免疫浸润;调控网络