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利用机器学习识别和实验验证溃疡性结肠炎中与氧化应激相关的生物标志物
Authors Duan S, Yi Q , Qiu M, Zhu Z , Zhang Z, Gao Y , Zhang D
Received 5 February 2025
Accepted for publication 30 July 2025
Published 20 August 2025 Volume 2025:18 Pages 11415—11435
DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S520874
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Editor who approved publication: Professor Ning Quan
目的:溃疡性结肠炎(UC)的诊断和治疗仍面临挑战,原因在于缺乏可靠的生物标志物。本研究利用生物信息学和实验验证方法,探讨UC中与氧化应激相关的靶点。
方法:我们分析了四个GEO数据集和MSigDB中的氧化应激相关基因,采用差异分析、LASSO回归(用于特征选择)和随机森林(用于可靠生物标志物识别)。构建了人工神经网络(ANN)诊断模型,随后进行了染色体分布分析、免疫浸润评估和药物筛选。通过qPCR和Western blot在3% DSS诱导的结肠炎小鼠模型中验证了核心基因的表达。
结果:最终识别出6个核心基因:DUOX2、ETFDH、GPX8、ITGA5、NPY和PDK2,这些基因通过其他3个数据集进行了验证。在DSS结肠炎模型中,DUOX2和ITGA5显著上调(p < 0.05),而ETFDH、PDK2和NPY则下调。与对照组相比,GPX8蛋白在结肠黏膜中的表达水平升高。这些发现进一步在三个独立数据集(GSE48958、GSE16879、GSE36807)中得到验证。
结论:本研究通过机器学习和实验验证,在UC中识别出6个与氧化应激相关的生物标志物。这些发现为UC的管理提供了潜在的诊断和治疗靶点,为进一步的临床研究奠定了基础。
关键词:炎症性肠病、生物信息学、随机森林、LASSO回归、人工神经网络、免疫浸润。