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卵巢癌与金雀异黄素相关基因表型的药物-靶标-疾病网络分析

 

Authors Zhang C, Yang F, Ni S, Teng W, Ning Y

Received 9 August 2018

Accepted for publication 13 November 2018

Published 10 December 2018 Volume 2018:11 Pages 8901—8908

DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S183302

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Editor who approved publication: Dr Sanjay Singh

目的:金雀异黄素属于异黄酮类,是一类强效抗肿瘤药。其抗肿瘤特性已在许多癌症中得到广泛报道,但与卵巢癌的相关研究很少。本研究旨在探索金雀异黄素作用机制的新方法,并拓宽卵巢癌靶向治疗的前景。
材料和方法:在 DrugBank 数据库中搜索金雀异黄素靶标。使用 STRING 数据库预测药物与靶标(包括次级靶标)的相互作用。基于 Cytoscape 软件对总得分在 0.9 以上的相互作用组合生成蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。具有紧密联系的基因被分组成一个模块。然后,使用分子复合物检测(MCODE)分析工具对具有重要意义的 PPI 网络模块进行评价。对关键基因进行了京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。此外,在比较毒物基因组学数据库(CTD)中寻找疾病靶点。采用 Kaplan-Meier 分析对重叠靶点进行研究,评价卵巢癌生存率。
结果:为金雀异黄素确定了总共 13 个直接靶标和 372 个次级靶标,使用 MCODE 分析工具分析以确定关键基因。应用 KEGG 分析进一步评估关键的 72 个基因。然后,在 CTD 中搜索“卵巢癌”,并记录标记“T”或“M”相关的 123 个基因。接下来,由 CTD 获得的 123 个基因与三个信号通路的交叉产生七个重叠基因(CDKN1BPTENEGFRMAPK1MAPK3PIK3C 和 AKT1)。根据 Kaplan-Meier 分析, CDKN1B 的表达量显示与卵巢癌患者的总存活率存在相关性(log-rank P = 0.021)。
结论:目前的研究结果表明,药物-靶标-疾病网络分析是研究卵巢癌中与金雀异黄素治疗卵巢癌的一个有用工具。我们的结果还表明 CDKN1B 值得进一步研究。
关键词:蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),DrugBank,比较毒物基因组学数据库(CTD),CDKN1BPI3K/AKT 信号通路,FoxO 信号通路




Figure 1 The top 72 genes that further analyzed with the MCODE analysis tool.