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转录组联合孟德尔随机化分析发现AKT1和PPARG是脓毒症中葡萄糖代谢相关的生物标记物
Authors Ma J , Li W, Ma Q, Ding L, Wang Z, Wang R, Huang Y, Ma G, Gao J
Received 8 April 2025
Accepted for publication 12 July 2025
Published 30 July 2025 Volume 2025:18 Pages 10213—10234
DOI https://doi.org/10.2147/JIR.S528347
Checked for plagiarism Yes
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Peer reviewer comments 2
Editor who approved publication: Dr Tara Strutt
作者:宁夏医科大学第二临床医学院银川市第一人民医院研究团队
目的 本研究旨在确定与脓毒症中糖代谢相关的诊断和治疗生物标记物。
方法 使用一系列生物信息学方法分析公共数据库的数据集,包括差异表达分析、蛋白蛋白互助(protein-protein interaction,PPI)网络筛选、机器学习算法和孟德尔随机化。建立列线图模型,并通过富集分析、免疫浸润分析、转录因子(transcription factors,TFs)和microRNAs(miRNAs)预测以及药物预测来探索生物标记物的功能。通过定量反转录聚合酶链反应(quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证脓毒症组和对照组生物标志物的表达。
结果 脓毒症中有3899个差异表达基因,其中141个与糖代谢有关。从PPI网络中确定了11个关键基因,并通过机器学习和曲线下面积分析筛选出6个生物标志物:GAPDH、AKT1、TXN、DLAT、PPARG和PGK1。值得注意的是,孟德尔随机化分析显示,PPARG(OR=1.0730,95% CI:1.0330-1.1160)和 AKT1(OR=0.9211,95% CI:0.8569-0.9902)与脓毒症有因果关系。基于这些生物标志物的Nomogram诊断列线图显示出良好的诊断能力。富集分析表明,AKT1与Central memory CD4 T细胞的正相关性最高(cor = 0.57,P < 0.05)。相反,PPARG与巨噬细胞的正相关性最大(cor = 0.39,P<0.05),与效应记忆CD8 T细胞的负相关性最强(cor = -0.37,P<0.05),AKT1可抑制脓毒症的发展,而PPARG则可促进脓毒症的发展。TF-miRNA-mRNA网络显示,共有40个miRNA和8个TF与AKT1存在调控关系,其中包括缓解脓毒症发展的TAL1-AKT1和HNF4A-AKT1;同样,有64个miRNAs和4个TFs与PPARG相关,包括促进脓毒症发展的CTCF-PPARG和E2F1-PPARG等。药物预测结果显示,AKT1-gigantol、PPARG-echinatin复合物具有很强的稳定性。qRT-PCR显示在动物实验中脓毒症中PPARG和AKT1的表达减少,在临床样本中AKT1的表达减少,这与生物信息学的预测一致。
结论 AKT1和PPARG与脓毒症有因果关系,具有诊断潜力。AKT1、PPARG可以作为脓毒症糖代谢相关生物标志物。AKT1可抑制脓毒症的发展,而PPARG可促进脓毒症的发展。这些发现为脓毒症的诊断和治疗药物的开发提供了有价值的见解。
关键词 脓毒症;糖代谢;转录组学;孟德尔随机化;生物标志物
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